Die andere Seite der Beschaffung von Trink- und Brauchwasser ist die Entsorgung des verschmutzten Wassers, heute die Reinigung des Abwassers. Seit Jahrhunderten wurde in Wil, wie in anderen mittelalterlichen Städten auch, das Schmutzwasser einfach in die Gassen geleert, sofern keine Möglichkeit bestand, dieses in den Stadtgraben laufen zu lassen. Dass dabei, vor allem im Sommer, teilweise katastrophale hygienische Zustände entstanden und die Geruchsbelästigung enorm war, versteht sich von selbst. Das "Stinkgässli" in der Altstadt errinnert noch heute an diese Verhältnisse. Es verwundert nicht, dass im Zusammenhang mit der Wasserversorgung Ende des 19. Jahrhunderts auch immer wieder das Postulat einer planmässigen Kanalisation zu finden ist. In der Oberstadt existierte zwar seit Jahrzehnten ein einfaches Kanalnetz, vor allem für das Regenwasser ab den Dächern. Im West- und Südquartier aber bestanden als einzige Abzugsmöglichkeit Senkgruben, die regelmässig bei Regen überliefen. Die Gefahr von Seuchen war immer gegeben. An der ausserordentlichen Bürgerversammlung vom 1. Mai 1910 wurde nun ein Projekt angenommen, das die genügende Entwässerung der Keller, Strassen und Plätze, die Aufrechterhaltung der Bewässerung der tieferliegenden Quartiere unter Berücksichtigung der zukünftigen Bestrassung, die Auseinanderhaltung der Kanalisation und der Krebsbachverbauung sowie die Einleitung des Schmutzwassers in einen passenden Vorfluter, den Alpbach, vorsah. Die projektierten Baukosten beliefen sich auf Fr. 400'000.--, die teils durch die Anlieger, teils durch eine Anleihe, teils durch Ueberschüsse aus der Wasserversorgung amortisiert werden sollten. Auch eine Kläranlage war 1910 vorgesehen, doch wurde sie nicht ausgeführt. 1936/37 wurde im Zuge der Krebsbachkorrektion im Lindengut ein Absetzbecken mit Schlammtrockenbetten erstellt. Die Erkenntnis, dass "die Verunreinigung der öffentlichen Gewässer durch Abwasser aller Art einen Grad erreicht hat, der gesamtschweizerisch zum Aufsehen mahnt" und dass vor allem auch das Grundwasser als Trinkwasservorrat gefährdet war, ermöglichte 1953 den Bau der Kläranlage Freudenau. Mit der Erstellung der Hauptsammelkanäle Nord (ab1955), Ost und West (ab 1962) wurde des Kanalisationsnetz weiter ausgebaut.
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