Weihe der Klosterkirche 1657. Während der barocke Dachreiter mit Zwiebelhaube von 1787 stammt, wurde die Kirche 1963 umgestaltet. Saalkirche unter Satteldach mit neuer Holzdecke. Eingezogener, gerade abgeschlossener äusserer Chor, dahinter der Gebetsraum der Brüder. Altäre im frühbarocken Knorpelstil in natürlichem Holzton mit dezenter Goldfassung. Üppige Farbenpracht widersprach den Idealen franziskanischer Einfachheit. Tabernakel und Antependien mit Holzintarsien.
Am Hauptaltar Bild des hl. Antonius von Padua (1861) von Heinrich Kaiser (1813-1900). Am rechten Seitenaltar: Christus und Maria erscheinen Franziskus in einer Gruppe von Mitbrüdern. Wohl früheste Darstellung des Klosters (um 1660) von Hans Ulrich Rysse, Wil (um 1587-1667). Am linken Seitenaltar Kreuzigung (1909/10) von Josef Heimgartner (1868-1939).
An der Südwand Kruzifix im Stil des Manierismus (um 1700) und Stationenbilder (1962) des Tessiner Kapuziners Fra Roberto Pasotti. Glasgemälde der Fenster (1962) von Hans Stocker (1896-1983), auf der Südseite Sonnengesang des hl. Franziskus.