Der Hof wird Brauerei 1803 entsteht der Kanton St.Gallen, 1805 wird das Kloster St.Gallen aufgehoben. Der Hof wird Liquidationsmasse und von der Stadt Wil bis 1810 treuhänderisch verwaltet. Viel Kulturgut wandert in jener Zeit ab. Das ganze Jahrhundert hindurch werden der Hof und seine Nebengebäude immer wieder zerstückelt und verkauft. 1810 erwirbt der ehemalige Gerichtsherr Baron Wirz à Rudenz-Grüebler grosse Teile des Hofs, richtet eine Brauerei ein und schenkt seit 1830 im Fürstensaal Bier aus. Die Bierherstellung wird für den Hof schicksalhaft und verhilft den Räumen zu einer neuen Nutzung. Der aus Tuttlingen stammende Brauer Johannes Diener verbessert die Brauanlage, die später von seinem Schwiegersohn Oskar Kopp weitergeführt wird und den guten Ruf des Wiler Hofbräus begründet. Der Hof und seine Annexbauten aber leiden weiterhin unter fatalen Umbauten. Im Haus zum Roten Gatter ziehen Handwerker und Bürger ein, das Haus zur Toggenburg wird weitgehend verändert, und die Dienerschaftskapelle wird unter anderem als Turnhalle genutzt.
