Das Jahrhundert des Barocks in Wil ist geprägt durch ein reiches religiöses Leben und eine Blüte des Handwerks. 1607 findet der Dominikanerinnenkonvent St.Katharina aus St.Gallen Zuflucht in der Äbtestadt, 1654 entsteht ausserhalb der Stadt das Kapuzinerkloster. Prozessionen und Kirchenfeste prägen den Wiler Alltag. 1672 wird der Katakombenheilige Pankratius in die Pfarrkirche St.Nikolaus überführt. Das Handwerk blüht; der Handwerkerstolz findet in der Zunft- und Herrenstube (heute Gerichtshaus) seinen Niederschlag. Doch auch Schatten liegen über dem Jahrhundert; die Pestzüge von 1611 und 1635 dezimieren die Bevölkerung, und die Bedrohungen im Dreissigjährigen Krieg bringen Not ins Land. Die Stadt wird 1647 im Defensionale von Wil, in dem die Eidgenossen ihren Wehrwillen bekunden, Schauplatz geeinigter eidgenössischer Politik. Die Arbeiten im Hof jedoch ruhen, bis der aus Mailand stammende Abt Cölestin Sfondrati die Residenz zeitgemäss umbaut. Er lässt das Gebäude neu einteilen und stattet, um dem Lichthunger der Zeit gerecht zu werden, die Räume mit weissen Wänden und Stuckdecken aus. Die Wandmalereien und bemalten Balkendecken früherer Zeiten verschwinden unter einer weissen Putzschicht. Der Hof erhält anstelle seines Walmdaches ein Krüppelwalmdach und gegen die Vorstadt anstelle der alten Stadtmauer eine Gartenschanz.