Auf einer der bekannten Wiler Ansichten von Franz Müller aus den Jahren 1836-37 ist die Sammnung, eine Art freies Frauenkloster, abgebildet. Diese bildete zusammen mit dem Heilig-Geist-Spital und der Lateinschule einen markanten Gebäudekomplex am Kirchplatz. 1835 wurde der ganze östlich an den Turm der Kirche St. Nikolaus angebaute Komplex abgebrochen. An seine Stelle trat eine Aussichtsterrasse mit Treppe gegen den Viehmarktplatz und als Neugebäude das Kirchplatzschulhaus, erbaut nach Plänen des berühmten Architekten Felix Wilhelm Kubly.
Auf der Franz Müllerschen Zeichnung nun ist im Vordergrund ein rechteckiger Brunnen mit einer steinernen Säule und Seitentrog erkennbar. Der heutige St. Nikolaus-Brunnen trägt die Jahrzahl 1840, also das Jahr, in dem das Schulhaus eingeweiht wurde, was darauf hindeutet, dass zur Eröffnung des Schulhauses auch der Brunnen erneuert wurde.Tatsächlich war vom Gemeinderat im Herbst 1839 die Anschaffung eines neuen steinernen Brunnens im Betrage von 800 Gulden beschlossen worden. Im Mai 1840 findet sich darum in den Ratsprotokollen auch der Transport eines Brunnentroges von Würenlos nach Wil. Im Bürgerversammlungsprotokoll aus dem selben Jahr wurde, wohl auch als Rechtfertigung des recht hohen Betrages für den neuen Brunnen, durch die Rechnungskommission vermerkt, dass "wir hoffen, die Ausgabe werde sich durch Dauerhaftigkeit des Werkes" bezahlt machen. 1849 musste aber bereits festgestellt werden, dass infolge schlechter Fundamentierung der Brunnen auf dem Kirchplatz im Winter auszulaufen drohte, was schleunigst behoben werden musste. Nach der Tieferlegung des Brunnens sollte 1864 der ganze Platz nivelliert werden, was aber am Widerstand der Anrainer scheiterte. Lediglich der Brunnen selber konnte mit Sandsteinen umgeben werden.
Im Januar 1881 musste infolge der Erstellung einer Stützmauer und Stiege zur Altstadt hinauf in der Nähe der damaligen Wirtschaft zur "Rose" (heute das "Pub" im Centralhof) der daran anlehnende Brunnen versetzt werden. Am 1. Juli 1881 nun wird dieser Brunnen mit Namen genannt, nämlich als sogenannter "St. Niclausenbrunnen" ! Damit wäre auch erklärt, wieso 1846 der Wiler Gemeinderat mit Steinmetz Altweg von Oppertshofen einen Vertrag über einen neuen steinernen Brunnentrog für den St. Niklaus-Brunnen abschloss, obwohl doch der Brunnen auf dem Kirchplatz erst 1840 errichtet worden war. Der Wiler Lehrer und Historiker Ulrich Hilber (1863 - 1939) beschreibt in seinen Notizen, dass nun eben dieser "Niclausenbrunnen" auf den Kirchplatz versetzt wurde und da den bereits vorhandenen Brunnen ersetzte. Beim Umzug habe er auch seinen Namen mitgenommen. Diese erstaunliche, leider nicht genau dokumentierte, "Verschiebung" von Brunnen und Namen wird unter anderem dadurch gestützt, dass vom anderen Brunnen in den Quellen immer nur vom "Brunnen auf dem Kirchenplatze" die Rede ist. Allerdings, einen störenden Schöhnheitsfehler hat diese Geschichte doch, indem in einer weiteren Ansicht von Franz Müller der "Niklausenbrunnen" in der Unteren Vorstadt abgebildet ist, allerdings als Brunnen mit sechs Ecken, während der St. Niklausbrunnen heute aus vier durch eiserne Klammern verbundenen Seitenwänden besteht und somit auch nur vier Ecken aufweist. Es sieht nun so aus, als wäre bei der Versetzung des Brunnens nur der Name an den Kirchplatz verschoben worden.
Im August 1943 sollte der Brunnen gründlich restauriert werden, nachdem im Jahr vorher der Seitentrog infolge ständiger Verschlammung entfernt worden war. Auf die Anregung von Johann Pfister-Amstutz, die Brunnensäule durch eine St. Nikolaus-Statue zu ersetzen, holte der Gemeinderat bei Bildhauer Karl Gruber eine Offerte für diese zusätzliche Arbeit ein. Nach einem Augenschein wurde am 10. September 1943 der Auftrag erteilt. Ausgeführt wurde die Statue vom Sohn Rudl Gruber (geboren 1920), der damit seine zweite grössere Steinfigur schuf.
